利用NanoDrop2000对提取的CMCC44841基因组DNA进行了纯度测定,A260/280和A260/230分别为1.70和2.37。集聚菌菌利用qubit荧光计对提取的性大希氏EAECDNA测定了浓度为65ng/µL,提取的体和DNA能够满足后续全基因组测序和标准物质制备的实验要求。
本研究利用二代高通量全基因组测序技术对CMCC44841进行了序列测定。标准获得的物质基因组序列信息结果通过生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285Mb,肠道肠埃其N50重叠大小为114319bp,集聚菌菌共121个长度从305600bp到505bp不等的性大希氏contigs,GC含量为50.6%,体和编码区基因5173个。标准利用CGE网站KmerFinder对细菌进行种属鉴定,物质结果显示CMCC44841鉴定为大肠埃希氏菌(Escherichiacoli),肠道肠埃具体鉴定结果如表2所示。集聚菌菌同时利用CGE网站进行血清预测、性大希氏多位点序列分型(MLST)和毒力基因分析,CMCC44841血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带毒力基因除aggR、astA、pic之外,还预测到含有aap、aar、afaD、agg3C、lpfA、ompT等毒力基因,详见表3。CMCC44841全基因组测序数据已上传至NCBI数据库,序列号为SRR12278211。
按照GB4789.6-2016的方法对CMCC44841分别进行了astA、aggR、pic特征性基因检测。PCR扩增结果显示提取的CMCC44841DNA分别扩增出102bp、400bp和1111bp长度片段。不同浓度DNA扩增结果如图1所示,0.1、0.01、0.001ng/µl的DNA均有特征性基因扩增产物,选择CMCC44841DNA冻干小球标准物质使用时PCR的模板量≥0.1ng/µl,按照20ng/球进行DNA标准物质的制备。
随机抽取的20瓶EAEC菌体标准物质平板计数结果如表4所示。所有样品菌落数均在103CFU数量级,数值符合正态分布。SPSS软件单因子方差分析结果显示,F=1.59<F临界值=2.137,P>0.05。表明在显著水平为0.05时,本次所制备的EAEC菌体标准物质组内和组间无显著性差异,即样品符合均匀性要求。
随机抽取10瓶EAECgDNA标准物质,PCR产物电泳结果显示,10个gDNA标准物质的astA、aggR、pic基因均得到清晰的扩增条带(图2)。
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